Introducción a la secuenciación de ADN: Secuenciación Sanger y análisis de secuencias (4ª edición)

Introducción a la secuenciación de ADN: Secuenciación Sanger y análisis de secuencias (4ª edición)

A19020152

      

Ficha

Fecha de impartición: -
Horas teóricas presencial: 8
Horas prácticas presencial: 10
Horas lectivas: 18
Horas trabajo autónomo del alumnado: 7
ECTS: 1
Plazas disponibles: 0
Aula: Edificio central SEGAI - Campus Anchieta, ULL
Categoría: Curso de Extensión ULL

Descripción

Objetivos
Proporcionar conocimientos básicos sobre la secuenciación de ADN, así como de las herramientas bioinformáticas y la información que podemos extraer de las secuencias obtenidas.
 
Horario:
  • Lunes 12:00 15:00
  • Martes 12:00 15:00
  • Miércoles 12:00 15:00
  • Jueves 12:00 15:00
  • Viernes 12:00 15:00
  • Lunes 12:00 15:00
 
Profesorado:
  • Mario Andres González Carracedo
  • Rebeca González Fernandez
 
Metodología docente
La metodología a utilizar consistirá en:
1) Clases magistrales cortas, en las que los profesores explicarán los contenidos teóricos de manera básica. Se emplearán presentaciones en power point, videos demostrativos, etc.
2) Prácticas de laboratorio en grupos reducidos, donde los alumnos llevarán a cabo los experimentos planteados bajo la supervisión del profesorado.
3) Trabajo del alumno fuera del aula. Se proporcionará material didáctico a los alumnos para su trabajo fuera del aula, de manera que se afiancen los contenidos teóricos.
 
Programa
  • Introducción

    Contenidos teóricos:
    - Presentación del curso (0.5 h)
    - Introducción a la secuenciación de ADN: desarrollo histórico, estado actual y principales aplicaciones (1.0 h)
    - Secuenciación Sanger Vs. NGS: ventajas e inconvenientes (0.5 h)
    Contenidos prácticos:
    - Visita al laboratorio de Biología Molecular descripción in situ del Secuenciador Genético AB 3500: componentes, funcionamiento y uso de software (1.0 h)

  • Preparación de muestras y Secuenciación Sanger

    Contenidos teóricos:
    - Preparación de muestras para secuenciación Sanger (0.5 h)
    - Secuenciación Sanger, concepto y aplicaciones generales (1.0 h)
    Contenidos prácticos:
    - Purificación de un producto de PCR con el kit EXOSAP-IT (0.5 h)
    - Preparación de una reacción de secuenciación con el kit “BigDay Terminator 3.1”(1.0 h)

  • Purificación de reacciones de secuenciación y diseño de placas

    Contenidos teóricos:
    - Sistemas de purificación de reacciones de secuenciación: importancia y tipos principales (1.0 h)
    Contenidos prácticos:
    - Purificación de una reacción de secuenciación mediante precipitación (1.0 h)
    - Diseño y montaje de placas para electroforesis capilar en AB 3500 (1.0 h)

  • Electroforesis capilar

    Contenidos teóricos:
    - La electroforesis capilar: concepto, evolución, parámetros y principales aplicaciones (1.0 h)
    Contenidos prácticos:
    - Preparación del secuenciador AB 3500 para la electroforesis capilar (0.5 h)
    - Desarrollo de la electroforesis capilar: EPT, y Monitor Run (1.0 h)
    - Análisis preliminar de la calidad de datos y exportación de los mismos (0.5 h)

  • Análisis de secuencias

    Contenidos teóricos:
    - Identificación de especies mediante secuenciación de ADN (0.5h)
    - Análisis de secuencias: principales softwares para la edición y análisis de electroferogramas (1.0 h)
    Contenidos prácticos:
    - Edición y análisis de las secuencias obtenidas en el módulo anterior (1.5 h)

  • Comparación de secuencias en bases de datos (BLAST y BOLD)

    Contenidos teóricos:
    - Alineamiento de secuencias y búsqueda BLAST (0.5 h)
    - Las bases de datos NCBI y BOLD: estructura y aplicaciones (0.5 h)
    Contenidos prácticos:
    - Identificación de especies mediante comparación de las secuencias obtenidas en bases de datos NCBI y BOLD (1.0 h)
    - Resolución de dudas y discusión (0.5 h).
    Evaluación:
    - Realización de un cuestionario tipo test (25 preguntas con respuesta única) (0.5 h)

 
Criterios de evaluación
- Asistencia (50%).
- Participación en clase (30%).
- Resolución de cuestionarios en aula virtual (20%).
Trabajo autónomo del alumnado:
Debido a la organización del curso, en la que se realizan experimentos consecutivos, el alumno deberá repasar los conceptos adquiridos el día anterior para poder continuar con el siguiente paso. De otra manera, sería imposible que tuviera claro qué está haciendo o por qué lo está haciendo. Es por ello que se han establecido 7 horas totales de trabajo autónomo del alumno.
 
Observaciones
Curso organizado por el Vicerrectorado de Relaciones con la Sociedad y el Servicio General de Apoyo a la Investigación (SEGAI).
No existen tipos de inscripción vigentes. Para cualquier duda contacte con la Secretaría de la Fundación.